さくらのレンタルサーバ プレミアムプランでSFTP接続でファイル操作（アップロード・ダウンロード・更新・パーミッション変更等）を行った際、Internal Server Errorが発生するという現象に遭遇したのでシェア。
WordPressで発生しましたが他CMS・プログラム等でも同様の現象が発生すると思われます。
この現象は当方使用サーバのみ発生し、2週間お試しプレミアムプランやスタンダードプランの別サーバで確認しましたが再現性は確認されませんでした。（2013/01/16現在未解決）
ですので特異なケースと考えられますのであまり役に立つ情報にはなりそうにありませんね。
現象の再現性としては以下の流れとなります。
- サーバ上にPHPプログラムが一切無い状態及びデータベースも空の状態から新規データベースを作成しさくらインターネットが提供しているクイックインストールよりWordPressをインストール
- SFTP接続でサーバー上のどこでも良いので適当なファイル（PHPファイルに限らず何でも）をアップロード
- WordPressインストール画面へ
- Internal Server Error発生
といった具合です。
暫く経つか、リロードすれば表示されるようになりますがSFTP接続でファイル操作を行う度にこの現象が発生し、まともに運用できません。
※上記流れでは端折りましたがPHPファイルのパーミッションはさくら指定の705に変更済み。
ただし、SFTP接続でパーミッションを変更した段階でWordPressを操作しようとするとInternal Server Error発生するのでFTPES接続にて変更。
以下FTP（SFTP）クライアントにて発生を確認済み。
- FileZilla 3.6.0.2（Win7/Mac OS X 10.7.5）
- FTP Voyager Schesuler 16.0.2.0（Win7）
- SFTP Net Drive 1.0.19.61（Win7）
Cyberduck 4.2.1（Mac OS X）では確認できませんでした。
※上記現象確認以降SFTP接続でファイル操作を行っていないのですが、エラーログを見る限りInternal Server Errorが発生しているようです。
SFTP接続は原因の一つで他にもいろいろ問題があるサーバのようです。
さくらさん、PHPプログラムが全くない状態でWordPressをインストールしてエラーが出てるので原因としてメモリ負荷とかはありえないと思うのでホント調査お願いします・・・